В начале это был музей сельского хозяйства и он был расположен в другом здании. Название музея сменялось несколько раз за время его существования, однако основная идея – изучение природы и культуры Бессарабии – оставалась прежней. Здание музея было построено в 1903-1905 гг. по проекту архитектора В. Цыганков. В этом же здании музей расположен и сегодня.

В настоящее время музей является важным научным и культурным центром Бессарабии, который известен далеко за пределами Молдовы.

Музей разделен на 2 логические части. Первая часть посвящена флоре и фауне Молдовы. Здесь посетители знакомятся с флорой и фауной страны на сегодняшний день и с тем, как она выглядела много тысячелетий назад, с тем, как изменилась местная природа. Здесь можно проследить историю развития природы, начиная с Архея и до сегодняшних дней. Вторая часть знакомит посетителей с населением Молдовы, с их культурой и обычаями. Здесь посетители могут изучить древние предметы быта. Здесь прослеживается история развития жизни людей на территории Молдовы. Внимание посетителей привлекают национальный костюмы, сцена местной свадьбы, традиционный интерьер дома.

Музей включает в себя такие коллекции как геологическая, палеонтологическая, зоологическая, энтомологическая, археологическая, этнографическая и нумизматическая. При музее также существует собственный ботанический сад, который был основан в 1906 году. Это был первый ботанический сад в Бессарабии и он существует до сегодняшних дней. Среди экспонатов музея есть и уникальные. Например, скелет гигантского динотерия, жившего в эпоху плиоцена (5,3 – 1,8 миллионов лет назад). Скелет был найден в 1966 году. Коллекция музея выставлялась в странах Европы, Америки, Азии и Африки. Она представляет собой национально-культурное наследие Молдовы.

Музей работает каждый день, кроме понедельника. Выходными так же являются официальные праздники страны. Музей работает с 10:00 до 18:00. Однако вход в музей прекращается за час до закрытия музея. Вход платный. Билет для взрослого стоит 5 лей. За фото и видео съемку необходимо платить дополнительно. Возле музея нет автостоянки, однако место для парковки возможно найти. До музея легко добраться на общественном транспорте.