В начале 1660-х годов с южной стороны собора возвели высокую колокольню в семь ярусов. По замыслу патриарха Никона колокольня Нового Иерусалима должна была превзойти колокольню Ивана Великого в Москве. Голландский посол Николас Витсен, посетив монастырь в 1665 году, так описывает недавно возведенную колокольню монастыря: "Колокольня по форме и размерам такая же, как Ивана Великого в Москве, а по высоте - почти как наша башня Яна Роденпорта в Амстердаме". В отличие от Ивана Великого нижние пять ярусов колокольни Новоиерусалимского монастыря имели четыре грани, и лишь последние два были восьмигранными и, действительно, очень напоминали собой колокольню Ивана Великого в Московском Кремле.
Эта колокольня была точной копией Иерусалимской колокольни, которая была в свое время наполовину разрушена землетрясением.
