В 1923 году монастырь был закрыт, а в 1931 году его Архангело-Михайловский собор взорван. В апреле 1993 года монастырю возвратили часть сохранившихся помещений, в которых располагалась туберкулезная больница и началось новое возрождение обители под руководством настоятельницы игуменьи Серафимы. На территории монастыря возведен монастырский приют — современное здание Дома Милосердия.

10 ноября 1894 года архимандритом Гавриилом, в сослужении соборного духовенства, совершена была закладка храма, в основание которого в торжественной обстановке замуровали памятную табличку, а первый краеугольный камень положил сам архимандрит.
Пятиглавый храм с высокой колокольней строился из кирпича, частью привезенного монашеской братией Афонского монастыря из Константинополя, частью - феодосийским, доставленным из Крыма. Постройка обошлась в сумме до 300 тыс. рублей, и была закончена к концу 1996 года.
Высокопреосвященным Иустином, архиепископом Херсонским и Одесским, 22 декабря 1896 года, в сослужении преосвященного Тихона, епископа Елисаветградского, настоятеля скита архимандрита Гавриила и прочего духовенства, был освящен главный предел во имя чудотворной иконы Божией Матери, именуемой "Млекопитательница". На другой день произошло освящение правого предела во имя святого пророка Божия Илии архимандритом Гавриилом. Левый престол освятили 28 декабря во имя Архистратига Гавриила.

Большой купол церкви, расчитанной на 700 молящихся, изящно расписали по образу Храма Христа Спасителя в Москве. Красивый резной иконостас изготовлен был г. Саковичем, иконы писались в Москве и на горе Афон. К хорам вела красивая мраморная лестница. Также были построены удобные помещения для паломников, в выстроенном справа трехэтажном корпусе "с обширной приемной залой". В корпусе слева, располагались 28 келий для монастырской братии. Во дворе подворья построили флигеля для простонародья.
В храме упокоились нетленные мощи одесского святого архимандрита Гавриила Афонского, много потрудившегося для благоустройства и процветания Ильинского афонского Скита. Честные мощи старца, находящиеся в храме в гробнице, были обретены 9(22) июля 1994 года. Сегодня к гробнице преподобного Гавриила приходят верующие, прося его молитв и заступничества о себе и своих близких.

Во втором и третьем этажах была устроена церковь. Установлен великолепный золотой иконостас. Верхнюю церковь освятили во имя Святого Апостола Адрея Первозванного, а нижнюю - во имя Преподобного Сергия Радонежского. Остальные помещения были отданы под кельи. Согласно проекта, фасад здания, выходящий на Пантелеимоновскую улицу, имеет три парадных выхода, один из которых ведет в церковь.
На несколько дней здесь останавливались в свое время К.Паустовский и А.Грин.
В последний период совдеповского правления здесь размещался Дворец Культуры трамвайно-троллейбусного управления. В октябре 1996 года горсовет вернул святыню церкви. Здание подворья отреставрировано. В настоящее время богослужения проходят во вновь открытой при подворье Церкви Тихвинской иконы Божьей Матери.

Постройка церкви продвигалась быстро, и уже к середине июня были выведены стены первого этажа. Жители близлежащих земель всячески помагали в строительстве. Так, "доставка камня, благодаря любезности доктора Бертенсона (состоял медиком с 1873 г. при Одесской женской Мариинской гимназии), производилась по спуску, устроенному им по склону горы на его даче", что позволило значительно сократить время и удешевить доставку камня с Усатовых хуторов.
К конце лета строительство здания храма и школы было окончено. 31 августа 1886 года состоялось освящение церкви, обряд которого совершил преосвященный Никанор, архиепископ Херсонский и Одесский, в сослужении с соборным причтом и хором певчих.
По окончании строительства многие прихожане продолжали жертвовать на украшение храма. Потомственный почетный гражданин Иван Липин пожертвовал 100 рублей на приобретение колокола; жена его Екатерина Липина - медную купель; купец Иван Бирюков - священническое облачение. Церковный староста купец Петр Степанов пожертвовал Пантелеимоновской церкви: богослужебных книг на 64 руб. 20 коп.; полное священническое облачение; три больших иконы, "писанных на дереве маслянными красками", в деревянных позолоченных рамах; две больших бронзовых лампады и многую другую церковную утварь, всего на 1 057 руб. 38 к.
Одновременно с открытием храма начало свою деятельность и одноклассное народное училище. Известно, что один из одесских городских народных учителей воспользовался правом, и был рукоположен в священники, с "определением в этом новом звании" к Пантелеимоновской церкви и учителем при училище.
Однако, святая деятельность церкви прекратилась в 30-х годах прошлого столетия. Пять великолепных куполов были снесены, церковь осквернена и превращена в складское помещение.
С середины 90-х годов открывается новая страница в интересной истории Пантелеимоновской церкви на Куяльнике. Здание отремонтировано и реконструируется, вновь зазвучли молитвенные слова в стенах храма.

Построить церковь на кладбище стало возможным после того, как было было принято решение городского исполкома о передаче траурного зала Украинской Православной Церкви Московского патриархата. С благославления владыки митраполита Одесского и Измаильского Агафангела, 12 мая 1996 года состоялась первая литургия во временно оборудованной церкви.
Освящение церкви во имя Всех Святых стало напоминанием о том, что на Первом Христианском кладбище когда-то тоже был Всех-Святский храм. В тридцатые годы ХХ столетия храм и само кладбище были стерты с лица земли, а на том месте разбили парк отдыха им. Ильича.
Строительство бущего храма началось в 1997 году с пристройки алтарной части. Автором проекта новой церкви Всех Святых стал архитектор Николай Гуселетов. В конце Успенской недели, 27 августа 1998 года, на храм был поднят купол. Первыми добровольными жертвователями стали Одесский Масложиркомбинат и промышленный рынок "7-й киллометр". В процесе строительства церковь постепенно преобретает строгие архитектурные формы. Его бессменным служителем и строителем является настоятель храма — отец Ярослав.

Церковь, выстроенная высотой в два света вмещала до 500 человек. В разное время в ней служили священники Михаил Клопотов, Федор Миляновский, протоиерей Стефан Карпинский. После революции церковь была закрыта. Во время румынской оккупации Одессы многие гордские храмы вновь приняли прихожан. Открылась и церковь Кирилла и Мефодия, а настоятелем ее стал протоиерей Виктор Чемена. В послевоенное время храм снова подвергся закрытию и здесь поселилось ПТУ-27.

Пришли 90-е годы и церковь была снова освящена 19 декабря 1997 года. Но только 19 февраля 1998 года пришло официальное распоряжение о передаче храма общине. С первых дней настоятель храма о. Вадим (Анисимов) прилагает много сил и энергии для возрождения церкви Кирилла и Мефодия.